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關于分子和晶體這些想必大多數網友都不是很了解吧。因為這個詞匯太專業了，那么化學專業的網友應該對這個很了解。分子和晶體結構坐標編輯器(Cartes)是對分子和晶體的結構進行編輯和操作的強大工具，它可以幫助人們解決在進行理論和計算化學研究時模型構造中所遇到的困難。接下來，詳細的介紹一下。

分子和晶體結構坐標編輯器(Cartes)有什么功能

（一）晶體坐標變換
(1)晶體的分數坐標轉化成直角坐標。
(2)晶體的直角坐標轉化成分數坐標。
(3)生成向ａ,ｂ,ｃ三個方向堆積i,j,k個晶胞的全部分數坐標或直角坐標。
(4)生成按照給定對稱性關系得出的所有相關原子的分數坐標或直角坐標。
(5)按照空間群的對稱性由不等價原子推出一個晶胞內所有原子的坐標。
(6)查看空間群信息，包括國際空間群符號，Schonflies標記，晶系，Wyckoff位置以及所有對稱性等價位置等。
(7)自動轉換*.cif文件：從*.cif文件中讀取選定結構，然后自動將其轉換成包含一個完整晶胞的坐標文件。
（二）分子坐標變換
(1)按照指定對稱操作任意平移、旋轉、反映或反演當前的坐標。
(2)將一組坐標的中心平移到原點。
(3)判斷分子的點群，并顯示主要對稱元素（如旋轉軸的軸向矢量，對稱面的法向矢量等等）。
(4)自動調整分子取向，包括：
1)自動將分子的主軸調整到x,y,z軸上。
2)自動將分子的自定義的某個軸調整到自定義的另外一個軸上。
（三）各種文件格式的轉換
(1)可導入的直角坐標文件格式有：
Gaussian Job Files (*.gjf)
XYZ Coordinate (*.xyz)
Brookhaven PDB Files (*.pdb,*.ent)
Crystallographic Information Files (*.cif)
MDL MOL Files (*.mol,*.sdf,*.sd,*.mdl)
InsightII CAR Files (*.car)|*.car
Cambridge Crystallographic (*.csd,*.fdat,*.dat)
Quanta Files (*.msf)
Sybyl MOL2 Files (*.mol2)
Cerius2 Files (*.msi)
Catalyst Files (*.cpd)
Catalyst Query Files (*.chm)
MDL Sketch (*.skc)|*.skc
InsightII Grid Files (*.grd)
DS ViewerPro Files (*.msv)
(2)可導入的分數坐標文件格式有：
Gaussian Job Files (*.gjf)
Crystallographic Information Files (*.cif)
(3)可導出的直角坐標文件格式有：
Gaussian Job Files (*.gjf)
XYZ Coordinate (*.xyz)
Brookhaven PDB Files (*.pdb,*.ent)
MDL MOL Files (*.mol,*.sdf,*.sd,*.mdl)
Catalyst Files (*.cpd)
Catalyst Query Files (*.chm)
VRML World Files (*.wrl)
Smiles Files (*.smi)
GIF Files (*.gif)
JPEG Files (*.jpg)
DS ViewerPro Files (*.msv)
(4)可導出的分數坐標文件格式有：
Gaussian Job Files (*.gjf)

分子和晶體結構坐標編輯器(Cartes)有什么特點

（一）自動識別點群
象Chem3D這樣專業的軟件目前尚沒有自動識別點群的功能，而GaussView的3.07以來的版本已經增加了此項功能，但是其準確程度令人擔憂。似乎GaussView傾向于低估分子的對稱性，例如它往往無法判斷出高于6重軸的對稱性，如碳管(7,7)，GaussView給出的點群是C2h，而實際是D7d；又比如碳管(5,5)，它認為其點群是C5，而實際是D5d。
可見自己動手寫一個自動識別點群的程序是很具有挑戰性的，于是我就寫了這樣的程序，現在正好把它集成到Cartes軟件里來了。
（二）自動調整分子取向
自動將分子的主軸調整到x,y,z軸上。
自動將分子的自定義的某個軸調整到自定義的另外一個軸上。
（三）對稱操作矩陣自動生成向導
在進行對稱操作時，原先需要自行輸入變換矩陣，這往往要求用戶自己推求矩陣元，因而極為不方便。
現在我加入了對稱操作矩陣自動生成向導，可以十分方便地按照對稱變換自動生成變化矩陣。我想這是一個令人振奮的改進！
（四）通過空間群自動添加操作矩陣
嚴格按照各個空間群的對稱性關系自動來添加對稱操作矩陣，這應該是繼對稱操作矩陣自動生成向導之后又一個明顯方便有效的改進。
（五）多種文件格式的兼容和互轉
如果有可能的話，以后我還會兼容其他文件格式——比如Gaussian等量化軟件的out文件等等。
（六）語言切換
有中文和英文兩種語言的支持。
（七） Office XP界面
另外還采用了真彩色菜單的技術，進一步美化了界面。
（八）綠色軟件
無需安裝，直接運行，不產生垃圾文件，不對注冊表進行操作。
關于對稱操作的使用
當選擇“對稱操作”后，會彈出一個輸入對稱性操作矩陣的面板，對稱性操作矩陣的格式和意義如下：
每一個對稱性相關矩陣必須以%（表示該對稱性相關矩陣對分數坐標進行操作，其平移量采用分數坐標的單位）或#（表示該
對稱性相關矩陣對直角坐標進行操作，其平移量采用以埃為單位）開頭，換行或空格后，就輸入對稱性相關矩陣，格式為：
p11 p12 p13 t1
p21 p22 p23 t2
p31 p32 p33 t3
其中t1,t2,t3的單位由標識符‘%’和‘#’指明（含義見上），對于同一個輸入文件‘%’和‘#’可以混合使用。

分子和晶體結構坐標編輯器(Cartes)怎么用

分子和晶體結構坐標編輯器(Cartes)使用技巧

1、只將部分方向上的坐標進行轉換：
可以通過設置特定的晶胞參數值來實現。
例如：只讓x直角坐標轉化成分數坐標，y、z坐標仍保持直角坐標不變：
可以取a=a, b=1, c=1, alpha=90, beta=90, gamma=90
又如：只讓A和B分數坐標轉化成直角坐標，C坐標仍保持分數坐標不變：
可以取a=a, b=b, c=1, alpha=90, beta=90, gamma=gamma
其余情況同理設置。
2、生成按照給定對稱性關系得出的所有相關原子的分數坐標或直角坐標。
如果既要演化出對稱性相關的坐標，又要保持原有坐標不變（通常情況下確實如此），就應該將第一個對稱性相關矩陣設為恒等陣，即：
%
1 0 0 0
0 1 0 0
0 0 1 0
然后再接著輸入給定對稱操作對應的對稱性相關矩陣即可。
3、按照指定需要任意平移、旋轉、反映或反演當前的坐標：
只寫相應操作的對稱性相關矩陣即可，但最好用對直角坐標進行操作的方法（因為對分數坐標的操作會受到
晶體對稱元素的限制），如反演原先晶胞，再沿y方向平移1.8埃就可以寫為：
#
-1 0 0 0
0 -1 0 1.8
0 0 -1 0
4、DOS下命令行方式
(1) 在DOS下打開文件
命令行輸入：cartes 輸入文件名
(2) 查看本使用幫助文件：
命令行輸入：cartes /?

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分子和晶體結構坐標編輯器(Cartes)1.3 綠色免費版

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分子和晶體結構坐標編輯器(Cartes) 1.3 綠色免費版

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